ظل بنك السودان منذ إنشائه عام 1960 وحتى عام 1984 ( وهو العام الذي طبقت فيه القوانين الإسلامية ) يستخدم أدوات السياسة النقدية المباشرة وغير المباشرة التي تمكنه من الرقابة على الائتمان، حيث كان يتحكم في الكتلة النقدية عن طريق معدلات أسعار الفائدة وتغيير نسب الاحتياطي النقدي، والتوجيه المباشر عن طريق وضع حدود قصوى للتمويل ( سقوف ائتمانية ) وغيرها من الوسائل الرقابية. كما أن البنك يقوم بدوره الرقابي والإداري على الجهاز المصرفي وفقاً لقانونه والذي أجريت عليه عدة تعديلات لتواكب السياسة الاقتصادية والمالية للدولة.

يقوم بنك السودان بعد أسلمة الجهاز المصرفي بدوره في تعميق إسلام الجهاز المصرفي، حيث تم إنشاء الهيئة العليا للرقابة الشرعية للجهاز المصرفي والمؤسسات المالية بالبنك في عام 1992 وذلك لضمان تنقية العمليات المصرفية من شبهة الربا. كما أن البنك استمر في أداء دوره كبنك للحكومة المركزية وحكومات الولايات والهيئات والأجهزة الحكومية وشبه الحكومية وذلك بالمساهمة في رؤوس أموالها وحفظ إدارة حساباتها المحلية والأجنبية هذا فضلاً على انه يؤدى دوره كمقرض للحكومة ومقرض أخير للبنوك.

وبما أن الجهاز المصرفي قد تمت أسلمته فإن بنك السودان قد تخلص من أذونات الخزانة والسندات الحكومية التي كانت تطبق عليها أسعار الفائدة ومن ثم تم إصدار سندات مالية تتوافق مع النظام الإسلامي.

ظل بنك السودان يؤدى دوره في تعميق إسلام الجهاز المصرفي وفى وضع سياسة نقدية تواكب الموجهات العامة للدولة وبرامج الإستراتيجية القومية الشاملة. فمنذ بداية البرنامج الثلاثي للإنقاذ الاقتصادي ( 1990 ــ 1993 ) اتخذ بنك السودان سياسات تمويلية بغرض تحريك جمود الاقتصاد السوداني والتي وضعت على ضوء الموجهات التالية:

1. الاهتمام بجانب العرض (Supply side measures) والاستقرار النقدي من حيث حسن كفاءة واستغلال الموارد المصرفية وذلك بتركيز التمويل في تنمية القطاعات الاقتصادية ذات الأولوية مع الاستمرار في سياسات ترشيد الطلب الكلى.
2. الاستمرار في برنامج الدعم الاجتماعي للأسر الفقيرة تمشياً مع المشروع التعبوي القومي للتكافل والإنتاج .
3. الاستمرار في تمويل المؤسسات العامة عن طريق البنوك وعدم اللجوء لبنك السودان بغرض التمويل المباشر .
4. السماح للبنوك التجارية بالتمويل بالنقد الأجنبي وفقاً للضوابط التي يصدرها بنك السودان .

وبعد توقيع اتفاقية السلام الشامل في 2005 تم وضع سياسات بنك السودان المركزي في إطار السياسات الاقتصادية الكلية وبالتنسيق والتشاور مع وزارة المالية والجهات المعنية ومراعيةً للمبادئ الأساسية لاتفاقية السلام الشامل التي وردت في البند (14) من بروتوكول قسمة الثروة فيما يخص السياسة النقدية والمصرفية والعملة والإقراض. والتي نصت على:

1. تطبيق النظام المصرفي المزدوج ( إسلامي في الشمال وتقليدي في الجنوب).
2. إنشاء بنك جنوب السودان كفرع للبنك المركزي ليدير النافذة التقليدية في الجنوب.
3. إصدار سياسة نقدية واحدة من بنك السودان المركزي تكون ملزمة لكل المؤسسات المصرفية والمالية.
4. استقلالية البنك المركزي في تنفيذ سياسته النقدية.
5. مسئولية البنك المركزي في المحافظة على استقرار الأسعار والمحافظة على استقرار سعر الصرف، وكفاءة النظام المصرفي وإصدار العملة.

وعليه فقد تم إنشاء بنك جنوب السودان كفرع من البنك المركزي ليقدم بالإضافة إلى مهامه الأخرى الخدمات المصرفية التقليدية بجنوب السودان بما في ذلك إصدار التراخيص للمؤسسات المالية وفق الأسس والضوابط التي يصدرها مجلس إدارة بنك السودان المركزي ويتولى إدارة بنك جنوب السودان احد نائبي المحافظ ويكون مسؤولا أمام المحافظ عن إدارة النظام المصرفي التقليدي بجنوب السودان كنافذة من نوافذ البنك وفقا لقوانينه وسياساته وضوابطه.

وفي 9 يوليو 2011 وبعد انفصال جنوب السودان اصبح بنك جنوب السودان هو البنك المركزي لدولة جنوب السودان يتبع له كل فروع بنك السودان المركزي في الولايات الجنوبية سابقا.